Além da tributação autónoma, a estrutura do IRC foi profundamente alterada com o Pagamento Especial por Conta.

O PEC funciona quase como um imposto autónomo calculado sobre o volume de negócios das empresas e com um valor mínimo de 1250 euros, que vai ser alterado para 1000. Trata-se de uma colecta mínima não assumida, porque, em teoria, as empresas sem resultados suficientes ou com prejuí­zos têm direito a obter a restituição desse pagamento efectuado por conta, mas a Administração Fiscal inviabiliza esse tipo de pedidos ao impor uma fiscalização e ao cobrar antecipadamente às empresas uma taxa pelo serviço prestado com um custo mínimo superior a 3000 euros que geralmente está muito acima do valor do imposto a restituir.